Tổng Kho thuốc được thành lập và có tên gọi là Kho thuốc K45 Vinh quang thuộc Ban y tế Khu Trung Trung Bộ (tiền thân của Tổng Kho thuốc chi viện từ miền Bắc vào miền Nam được tách từ đơn vị Đội 20 thuộc Ban Kinh Tài Khu 5 vào thời gian trước tháng 10/1968).

Có chức năng nhiệm vụ : Cung ứng và tiếp nhận thuốc men, dụng cụ TBYT, hóa chất xét nghiệm … từ miền Bắc vào miền Nam để chi viện phục vụ chiến trường Khu V.

Ngày 03/02/1976, Bộ trưởng Bộ y tế ra Quyết định số 82/BYT – QĐ về việc thành lập Công ty Dược Tổng hợp Cấp I tại Đà Nẵng (gọi tắt là CÔNG TY DƯỢC CẤP I – ĐÀ NẴNG) đặt dưới sự chỉ đạo của Liên hiệp các Xí nghiệp Dược Việt Nam.

Có chức năng nhiệm vụ : Là đơn vị hạch toán kinh tế độc lập, kinh doanh các mặt hàng Tân Dược, Dược liệu, nguyên liệu Tân Dược, Hóa chất, thiết bị dụng cụ y tế, sản xuất thuốc Nam thuốc Bắc, nấu và bào chế các loại Cao đơn hoàn tán nhằm phân phối, phục vụ cho nhu cầu phòng bệnh chữa bệnh, bảo vệ sức khỏe của nhân dân các tỉnh thuộc Khu 5 cũ.

Bộ trưởng Bộ y tế ra Quyết định số 534/BYT-QĐ về việc đổi tên các đơn vị trực thuộc Liên hiệp – Các Xí nghiệp Dược Việt Nam. Công ty Dược Cấp I – Đà Nẵng được đổi tên là : CÔNG TY DƯỢC LIỆU TRUNG ƯƠNG III

Có chức năng nhiệm vụ : Sản xuất, kinh doanh thuốc Tân dược, nguyên liệu thành phẩm Đông Dược, Hóa chất, thiết bị dụng cụ y tế … thực hiện chương trình PAM, cung cấp và phục vụ thuốc men, dụng cụ y tế cho công tác phòng chống dịch bệnh, thiên tai bão lụt tại các tỉnh miền Trung – Tây nguyên.

Căn cứ Thông báo số 108/TB của Văn phòng Chính phủ, Bộ y tế ra Quyết định 392/BYT-QĐ ngày 20/04/1993 thành lập Doanh nghiệp Nhà nước và Công ty Dược Liệu Trung ương III, được đổi tên là : CÔNG TY DƯỢC TW III.

Có chức năng nhiệm vụ : Là doanh nghiệp Nhà nước hạch toán độc lập, là đơn vị thành viên của Tổng Công ty Dược Việt Nam hoạt động theo luật doanh nghiệp Nhà nước và các qui định của pháp luật. Kinh doanh, xuất nhập khẩu nguyên liệu, thành phẩm Tân Dược, Đông nam Dược và vật tư TBYT. Sản xuất thuốc Tân Dược, đông Dược. Thực hiện việc cung cấp thuốc men, vật tư thiết bị y tế cho công tác phòng chống dịch bệnh, thiên tai bão lụt và thực hiện một số chương trình công ích xã hội khác tại khu vực miền Trung – Tây nguyên và cả nước.

Năm 2003 Công ty đã đầu tư xây dựng cơ sở vật chất kho, xưởng, phòng kiểm tra chất lượng đạt tiêu chuẩn Thực hành bảo quản thuốc tốt GSP; Thực hành tốt sản xuất thuốc GMP; Thực hành tốt kiểm nghiệm thuốc GLP; Thực hành tốt phân phối thuốc GDP. Đến năm 2009 Công ty xây dựng cơ sở đạt thực hành tốt sản xuất thuốc GMP-WHO.

Công ty Dược TW 3 chính thức được chuyển đổi sang Công ty TNHH một thành viên Dược Trung ương 3 theo Quyết định số 047/QĐ-TCTD ngày 29/6/2010 của Hội đồng quản trị Tổng Công ty Dược Việt Nam.

Công ty TNHH MTV Dược TW 3 là Công ty do Nhà nước làm chủ sở hữu, hoạt động theo Luật Doanh nghiệp, Điều lệ Tổ chức và hoạt động do Tổng Công ty Dược Việt Nam quyết định và các văn bản pháp luật khác do Nhà nước quy định. Có tư cách pháp nhân, có con dấu riêng, được mở tài khoản tiền đồng Việt Nam và ngoại tệ tại kho bạc nhà nước, các ngân hàng trong nước và ngoài nước theo quy định của pháp luật. Có vốn và tài sản riêng, chịu trách nhiệm đối với các khoản nợ bằng toàn bộ tài sản của mình. Có quyền sở hữu, sử dụng và định đoạt đối với tên gọi, biểu tượng, thương hiệu của mình theo quy định của pháp luật.

Công ty TNHH MTV Dược TW3 được phê duyệt chuyển đổi sang Công ty Cổ phần Dược Trung ương 3 theo Quyết định số 4204/QĐ-BYT ngày 15/10/2014 của bộ Y tế về việc phê duyệt Phương án cổ phần hóa và chuyển Công ty TNHH MTV Dược TW3 thành Công ty cổ phần và chính thức chuyển đổi thành Công ty cổ phần Dược Trung ương 3 theo Giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh kể từ ngày 25/03/2015.

Công ty cổ phần Dược Trung ương 3 là công ty cổ phần có tư cách pháp nhân kể từ ngày đăng ký kinh doanh; Thực hiện chế độ hoạch toán kinh tế độc lập; Có con dấu riêng, được mở tài khoản tại ngân hàng theo quy định của pháp luật; Được tổ chức và hoạt động theo điều lệ của công ty cổ phần và Luật doanh nghiệp, được đăng ký doanh nghiệp theo quy định của pháp luật.